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世纪之交，伴随着西部大开发的响亮号角声，国务院决议把同处杨凌的原西北农业大学、西北林学院、中国科学院水利部水土保持研究所、水利部西北水利科学研究所、陕西省农业科学院、陕西省林业科学院、陕西省中国科学院西北植物研究所7所教科单位兼并组成为西北农林科技大学。这是杨凌农科城开展史上空前的大调整、大革新，是我国教育和科技体系统筹革新的一次重要实验，然后完成了杨凌农业科教资源深度整合和优势集成。
时任中心、国务院副总理的同志正是这场严重革新的首要领导者，他先后7次亲赴杨凌、6次深化校园，为杨凌示范区和西北农林科技大学的建立付出了很多汗水。
1998年7月，同志约见陕西省有关领导，专门研究杨凌的科教体系革新问题。他清晰着重，要依照国家关于教育科技体系革新的精力，以联合、调整、兼并、共建的方法，加大革新力度，下决心改动杨凌科技和教育力气涣散、小而全、重复糟蹋的现象，提出可考虑把西北农业大学、西北林学院和其他科研院所兼并起来，组成西北农林科技大学，建成一个科研教育型的高水平大学，由中心和当地来共建。他以为，只要体系问题解决了，才干更有利于学科优势互补，合理装备和充分利用科教资源。同志的这次说话，把西北农林科技大学兼并组成的底子结构已勾画得十分清晰和详细，从此杨凌科教体系统筹革新的脚步大大加速。
随后，陕西省委省政府和教育部、财政部、科技部、农业部、水利部、国家林业局、中国科学院等部分先后屡次安排调研，反复研究和谐一些严重问题，对西北农林科技大学的兼并组成给予巨大支撑和政策歪斜，活跃担任“助产士”。
1999年9月5日，国务院办公厅宣布《关于组成西北农林科技大学的复函》。9月9日，教育部宣布《关于组成西北农林科技大学的决议》，校园选用省部共建的方法，由教育部、科技部、农业部、水利部、国家林业局、中国科学院和陕西省政府联合共建，日常办理以陕西省人民政府为主，严重事项办理以教育部为主。9月11日，西北农林科技大学这个全国榜首所由高校和科研院所兼并组成的新式大学，总算在各方面的大力支撑和帮忙下顺畅诞生了。
在校园建立大会上的讲话中指出，国务院决议对地处杨凌的校园、科研单位实施严重体系革新，底子意图便是要优化装备科技和教育资源，发挥优势，前进水平，推进产学研严密结合，为西部区域特别是干旱半干旱区域的可持续开展，供给高水平的科技与人才支撑。他期望，大学的开展和示范区的建造严密结合起来，示范区要活跃为大学的开展发明良好环境，共同努力，使杨凌的科教优势和人才优势充分发挥，为我国农业开展和乡村前进作出更大奉献。
西北农林科技大学兼并组成后的十年，成为农科城大革新、大开展、大跨过的十年，一座充溢现代气味和传统特征的农科城、文化城、生态城和大学城全面兴起，城因大学而建，大学因城而强，血脉相连，薪火传承。
兼并组成十多年来，西北农林科技大学坚持不懈地推进科教体系统筹革新，坚决抛弃那种简略的数量整合或浅层交融的老路子，斗胆打破教育和科研单位固有的体系形式与开展形式，以学科建造为龙头，依据“学科专业相同或附近”的准则，经过十分规、雷厉风行的资源整合，完全打破了原七个科教单位旧的体系与格式，建立起产学研严密结合的办学新体系。一起，校园紧紧依托杨凌示范区这个大渠道，抢抓机会，开拓创新，坚持环绕国家和区域性战略需求，活跃推进学科建造上水平，全面实施“人才强校”战略，不断加速国际化办学脚步，在人才培养、科学研究和社会服务方面均获得了令人瞩意图成果，各项事业完成了跨过式开展，已跻身国家“985”“211”工程建造高校队伍，成为全国56所设有研究生院的高校，社会知名度和影响力明显提高。党和国家领导人、、、、、、、、、、、、罗干等分别来校园观察，对获得的各方面成果给予充分肯定。
革新开放，为西北农林科技大学插上了腾飞的翅膀，兼并交融，使校园构成强壮的归纳优势。新时期、新阶段，西北农林科技大学正以高昂进步的姿势，在新世纪编写教民稼穑的簇新乐章！