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目前，中国水稻、玉米、小麦三种主要农作物品种的基本格局是，水稻杂交种和常规种基本平分天下，杂交种占45%；玉米以杂交种为主，占总量的75%；小麦则绝大部分是常规种，全国仅有极小面积的杂交种试种。从这些品种的培育和推广目的来看，主要是解决提高产量的问题，并且为达目的，常常不考虑种植成本。这是过去中国长期粮食短缺所形成的惯性，衡量一个品种优劣的唯一标准就是产量。跟着社会的发展，市场对农产品的需求日趋多样化，中国长期以来形成的单一品质的粮食产品结构，已远不能够满足当前市场的需求，解决中国粮食产品的品质问题已是当务之急，否则，中国的农产品就没有国际竞争力，加入世界贸易组织后，中国的农业必将受到来自发达国家的强大冲击。要根本解决这一问题，必须从种子入手，用具有优良品质基因的新品种替代目前使用的品种。中国的种子产品部门往往对此重视不够，一个品种虽然高产，但由于品质不好，而价格较低；由于抗逆性差，而病虫害防治、田间除草成本比较高，导致了增产不增收，高产不高效情况的发生。因此，今后一个时期，高产、优质、专用、抗逆等综合性状表现好的，能提高种植业效益的品种将成为种子产品的主流，并受到农民的欢迎。
利用传统的品种间杂交选育新品种周期较长、效率较低，一直是困扰农作物育种发展的一个问题，也是造成中国农作物品种更新较慢，与发达国家差距较大的重要原因之一。今天，用传统的育种技术选育新品种，已不能够满足市场对农作物新品种的需求。以生物技术为代表的高新技术与传统的育种技术相结合，快捷高效地培育农作物新品种，将成为今后农作物育种的主要方法。
长期以来，中国的种子生产单位采取粗放的办法来进行种子生产，对种子的生产的全部过程缺乏必要的监督与指导，种子生产的关键环节基本上完全由农民来完成，种子部门仅对其进行简单的筛选和包装，即对外出售。这种生产方式导致了中国商品种子质量上的问题严重，合格率较低。突出表现为种子纯度不够、净度不达标，加之储藏条件较差，种子发芽率也常常受一定的影响。这种状况不仅制约了种子产业的发展，也对农业生产造成了严重的危害。为此，农业部在1995年《种子工程总体设计》中要求，强化种子的生产与加工管理，推广一批种子精选、包衣和包装新技术，到2000年，实现全部商品种子的精选加工、包装和标牌出售，50%的商品种子经过包衣处理，主要农作物种子纯度提高5-10个百分点，水稻、玉米、棉花、小麦四大粮棉作物的标牌用种量达到60%。实现这个目标，就必须改变种子的粗放型生产状态，变一家一户的分散繁殖为集中大面积繁殖，同时，加强对播种、去杂、收获等种子生产关键环节的管理。由此可见，采取集约化方式来进行种子生产已是大势所趋。
种子经营由分散的小规模区域自给性经营向专业化、集团化和参与社会化、国际化市场之间的竞争转变
受长期计划经济体制的影响，目前中国的种子仍以分散的、小规模区域自给性经营为主，全国县以上的行政区划建制，都有一个归口农业部门管理的种子公司，负责供应本行政区域的农业生产用种，不准在区域外从事经营活动。因为缺少必要的竞争，导致了种子公司在生产、管理、经营上的惰性，严重制约了种子产业的发展，进而对农业生产造成了极大的损害。近几年来，这样的情况得到了某些特定的程度的改变。首先，国家放宽了对区域内经营常规种子的资格，允许种子公司以外的单位在区域内从事常规种子的经营，最近，国家将逐步放开经营区域的限制，并对有条件的单位授予杂交种经营权。这必将导致中国的种子经营向专业化、集团化方向发展，并参与社会化的市场之间的竞争。同时，国际化的竞争也已初步展开，著名的美国孟山都公司已在中国开始了抗虫棉种子的销售，下一步还将介入小麦杂交种的竞争。中国加入世贸组织后，还将有更多的外国公司来中国从事种子经营。种子行业社会化、国际化市场之间的竞争的趋势将日益明显。
由科研、生产、经营脱节向育繁推、产加销一体转变科研、生产、经营脱节是中国种子产业存在的又一弊病。
育种、生产和销售分属不同部门，育种人不是依据市场要求确定育种目标，而是按照行业管理部门的要求做工作，育种目标的市场针对性不强，经营单位对所经营的品种没选的余地。随着科学技术体制改革的不断深入和企业投资种子产业热情的高涨，这样的情况将得到迅速的转变，通过科研成果转让、知识产权入股、企业资助科研、资产捆绑重组等方式，将使中国种业的科研、生产、经营迅速走向联合。以市场为纽带，形成一批集新品种选育、良种繁育、科技推广、种子生产、加工、销售一体化的种业集团。