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目前中国种业与世界发达国家相比差距巨大，国外跨国种业公司逐步扩大在中国的市场，而国内育种公司则在竞争中处于极其不利的地位，产生这种现象的原因有以下几个方面。
目前在科研投入上，国外的跨国公司一般来说都会把出售的收益的10%左右投入到研发上，如孟山都2006年的研发经费就达到了7.8亿美元，占其销售额的15%；德国的KWS公司，每年的研发投入大约为上年度收入的15%，2011年的研发经费就达到了1.27亿欧元；利马格兰公司科研投入大约占到年出售的收益的13%，由于科研投入大，使得品种的技术上的含金量很高，如杜邦公司的玉米品种，能够保证发芽率达到95%以上，这样农民就能轻松实现每穴只播一粒种，不需要间苗，而国内品种一般都是每穴播种3粒，非常费工。
中国的一些规模化的种子企业虽然也在加大创造新兴事物的能力，但总的来说创造新兴事物的能力不足。中国科协一项调查显示：科研资金用于项目本身仅占40%左右，大量科研经费流失在项目之外，这使本来就不足的科研经费很难产生创新的成果。而跨国育种公司在发展中不断进行创新，申请专利，再将专利应用于育种实践，经过这样的良性循环，公司实力慢慢地加强。比如，截至2013年6月，国际知名的孟山都在全球主要国家申请的专利总量为12085件，这些专利涉及被子植物、突变及遗传工程、改良基因型的方法和未分化的植物细胞等等。
目前中国每年80%的大豆来自进口，而90%来自于孟山都技术种植的转基因大豆，而且孟山都公司研制成功的胚自杀转基因技术使得转基因种子没办法再次使用，所以农民只能购买孟山都的种子。而跨国种子公司对专利的垄断极易摧毁欠发达国家的农业产业体系，使其对跨国种子企业产生过度的依赖。
世界上大的种子公司，在品种培育、繁殖以及推广等环节上都是由自己的公司来完成。公司在研发上也舍得花大力气，比如先正达公司从事研发的员工就有约5000人，占其员工总数的25%。而中国目前品种研发、生产以及销售脱节，中国目前的体制是大学或者农业科研院所掌握着种质资源，相关的专家从国家申请科研经费，接着进行育种和相关研究，育成的品种以专利的形式卖给种子公司或者自己繁殖后再卖给种子公司，推广环节则由乡镇农业技术推广部门进行。而种子公司具备研发能力的很少，像合肥的丰乐种业自己出资或与其他大学合办杂交水稻研究中心、玉米技术开发中心、丰乐种业科学技术研究院等等；隆平高科就是以湖南杂交水稻研究中心、长沙农业现代化研究所等几家科研和种子公司以及袁隆平先生个人入股组建，具备较强的科研实力，并于2007年收购了1998年上市的种子公司亚华种业。
但是目前中国绝大多数种子公司缺少创造新兴事物的能力，如同样是上市公司中国种业十强的登海种业和敦煌种业，自主品种的研发能力依然很弱，其2011年的赢利主要是依靠和杜邦公司合资的登海先锋以及敦煌先锋出售的玉米品种“先玉335”，其中登海先锋的營业收入更是占到总公司的93%；因此中国种业公司遍缺乏自主创新，而国外的跨国公司都是研发、生产、销售一体化，如杜邦-先锋种业自主研发的玉米品种“先玉335”，科技含量很高，在生产以及销售环节也都由自己的员工完成，形成了自己的一套完整体系，比如在推广的环节，杜邦公司推广精准农业，使玉米单粒播种成为可能，同时杜邦公司对购买先锋玉米种子和农机的农户给予农机补贴，并对农民进行示范、培训、田间地头演示，使农民接受先进种植理念并受益。而这种开现场会，给农民进行补贴等活动，国内企业很少开展。
世界种业的发展，就是在不断的并购中扩大发展起来的，由小变大，成为超级育种企业。中国种子公司的特点是规模小、数量多、竞争力不强。中国种子生产经营企业虽多，但规模太小，2012年中国持证种子企业有6600多家，比2010年减少了25%。2009年统计数据表明，即使是中国种业前几名的敦煌种业、丰乐种业、
登海种业、隆平高科以及万向德农在2009年种子出售的收益总和也不足31亿元人民币，而孟山都2009年的种子出售的收益为501亿元，先正达为175亿元。中国国内的育种单位由于缺少资产金额的投入，没有核心的技术，在竞争中后劲不足。
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